Asociace má tyto orgány:
Valné shromáždění je nejvyšším orgánem asociace a sestává ze všech členů asociace. Do jeho působnosti spadá především schvalování změn stanov, hospodaření, rozpočtu a zásadních aktivit asociace, dále volba a odvolání členů představenstva asociace a revizní komise. Valné shromáždění si však k rozhodnuti může vyhradit jakoukoli otázku.
Představenstvo je statutárním orgánem asociace. Má pět členů, kteří jsou voleni valným shromážděním na tříleté funkční období. Volen je předseda, místopředseda a tři členové představenstva – předsedové odborných sekcí.
Členové představenstva jednají jménem asociace a podepisují za asociaci tak, že k napsanému či natištěnému názvu asociace připojí svůj podpis vždy předseda nebo místopředseda a jeden další člen představenstva.
Představenstvo řídí činnost asociace, odpovídá za její hospodaření, tvorbu a plnění rozpočtu, plánováni činnosti a koncepční práci v odborných sekcích, přijímá nové členy a svolává valné shromáždění. Jednání představenstva svolává a řídi předseda nebo jím pověřený člen představenstva. Z jednání představenstva se pořizuje zápis, který je po ověření přístupný všem členům asociace.
Revizní komise je kontrolním orgánem asociace a je tříčlenná. Má za úkol kontrolovat pravidelně, nejméně pak jednou ročně hospodaření asociace a podávat o tom zprávu valnému shromáždění. Členové komise jsou voleni valným shromážděním na funkční období tří let. Revizní komise si volí ze svého středu předsedu. V případě, že některý z členů v průběhu funkčního období ukončí svou činnost v komisi, zemře nebo je odvolán, jsou zbývající dva členové povinni kooptovat nového člena na období do nejbližšího valného shromáždění.
Pro odbornou práci v sekcích a pracovních skupinách a členství v nich schvaluje valné shromáždění zvláštní statut. Organizační strukturu odborných sekcí naleznete zde.