Při návrhu fermentačního reaktoru je především nutné rozlišit dobu hydraulického zdržení a dobu zdržení pevných (suspendovaných) látek. V případě bioplynových stanic je nejčastěji diskutována doba hydraulického zdržení HRT (hydraulic retention time). HRT = VTOT/VOUT HRT – hydraulická doba zdržení VTOT – celkový aktivní objem fermentačního reaktoru VOUT – objem vystupující z fermentačního reaktoru za jednotku času (objemový průtok) Z výše uvedeného je zřejmé, že hydraulická doba zdržení není závislá na objemech a množstvích substrátů vstupujících do fermentačního reaktoru, ale pouze na podílu celkového objemu reaktoru a výstupního proudu digestátu.