Základem AD je symbióza řady velmi rozdílných druhů mikroorganismů ve velmi komplexním systému provázaných chemických reakcí. Mezi ně patří i hydrolýza a methanogeneze. Právě tyto dva soubory chemických reakcí vyžadují výrazně odlišné pH. Hydrolýza nízké pH (již od pH = 5), zatímco methanogeneze prakticky neprobíhá pod hodnotami pH < 6.2. Doporučované rozmezí pH je tak kompromisem, který zajišťuje uspokojivé reakční podmínky pro všechny složky mikrobiálního konsorcia. Pokles pH je pak charakteristický poklesem obsahu methanu v bioplynu, za současného zvýšení koncentrace vodíku. Zvýšení pH je pak charakteristické zvýšením koncentrace methanu v bioplynu za současného snížení koncentrace vodíku, běžně pod meze detekce.